Fanouškovský program
Comic-Con Junior se stejně jako Comic-Con Prague liší od většiny Comic-Conů bohatým programem od fanoušků pro fanoušky. Přednášky, besedy a soutěže proběhnou v několika programových liniích.
GameLine
Pořady o videohrách připravují fanoušci i profesionálové - redaktoři, tvůrci her, překladatelé...
ComicsLine
Za programem stojí komiksoví nakladatelé, domácí i zahraniční tvůrci, odborníci na komiks. Sál E4.
AnimeLine
Ve spolupráci s brněnským Animefestem přináší pořady věnované japonské současnosti i historii.
Fantasy a sci-fi
FantasyLine = Harry Potter, Pán prstenů apod. StarLine = Star Wars, Star Trek, Stargate apod.
Speciální linie
Cosplay Stage = s cosplayery o kostýmech (předsálí E1). Workshop Line = tvůrčí workshopy (hala E5).