Fanouškovský program
Comic-Con Brno & Junior se stejně jako Comic-Con Prague liší od většiny Comic-Conů ve světě bohatým programem od fanoušků pro fanoušky. Přednášky, tematické diskuse, besedy a soutěže proběhnou v několika programových liniích ve spolupráci s Festivalem Fantazie.
Future Line
Kosmonautika, biotechnologie, lékařství, ale i psychologie, filozofie, lingvistika. Vše, co potřebujeme k zajištění budoucnosti lidstva.
Sci-fi Line
Star Wars, Star Trek, Stargate, Doctor Who, Červený Trpaslík a spousta dalších sci-fi fenoménů ze všech pohledů.
Fantasy Line
Pán Prstenů, Harry Potter, Hra o trůny, Zaklínač, Zeměplocha a další fantasy světy, ale i mytologie a reálná historie.
Cosplay Stage
Cosplay Stage hostí přehlídky tematických skupin cosplayerů a cosplay hostů, tvůrce kostýmů s cennými návody a radami.
Asian Line
Japonsko, Korea, Čína - historie a současnost, technologie a kultura se zaměřením na mangu, anime, k-pop a j-pop.